私はYoutubeに登録してないから仕組みが分からないけど、閲覧履歴はログイン状態で付くものなのかな。私が時々見てる通販サイトはログインしていなくても履歴が付く。深く考えてないけどCookieに記録されてるのかなと思ったりする。
だとすればパソコンのCookieがオフになってたら履歴がつかないことになる。妹さんは自分がどんな動画を見てるのか知られたくなくてCookieをオフにしてたとか？でもCookieがオフだと不便なことも多いから、何らかの理由でオンにして、そのせいで履歴がついてしまったということかも。