潰瘍性大腸炎の原因はまだわかっていません。しかし、最近の研究では、「遺伝的な要因」、「食べ物や腸内細菌、化学薬品などの環境因子」、「免疫の異常」の3つが重なり合って発病すると考えられています。食生活の欧米化もこの病気が増加している要因のひとつとされています。