プロット
アルテミスの道

旅行者（プレイヤー・キャラクター）は記憶喪失のまま辺境の惑星で目覚め、墜落した宇宙船を見つけなければならない。到着すると、宇宙船のコンピュータに導かれ、必要な修理を行い、別の惑星系へのハイパースペースジャンプの燃料に必要な資源を集めるように指示される。途中、銀河系に生息する3つの異星人、Gek、Korvax、Vy'keenの個々のメンバーと出会う。航海中、トラベラーは未知の力によって、銀河の中心に到達することを求められる。

その途中、近くの星系で宇宙異常が発生していることを知らされる。そこへ向かうと、奇妙なエイリアンが多数住む特殊な宇宙ステーション（「スペースアノマリー」）があった。その中の2人の宇宙人、プリースト・エンタティティー・ナダとスペシャリスト・ポロは、銀河系の他の宇宙人が持っていると思われる以上の知識を持っており、トラベラーに通訳なしで話すことができる。彼らは、銀河の中心で発見された奇妙な存在について語る。彼らは、旅人を銀河の中心に近づけてくれるブラックホールに案内することで、旅人をその存在に会わせることができるという。

旅を続けていると、アルテミスという異星人からメッセージを受け取る。アルテミスは、プレイヤーと同じトラベラーであり、他の仲間に会いたいと言っているという。彼らは不思議な古代のポータルを踏みましたが、太陽のない世界に閉じ込められてしまいました。自分の位置を三角測量し、現地の異星人と話した結果、アルテミスの居場所が存在しないことを発見する。アルテミスにそのことを伝えた後、不思議なことに通信は終了し、トラベラーはアポロという別のトラベラーの存在を知る。

TravellerはApolloに連絡を取り、アルテミスの苦境を伝える。プレイヤーは、ポータルと、各惑星を守るロボット「センティネル」との関係を明らかにするように言われる。センチネルとの小競り合いの後、ポータルを通過したトラベラーは、宇宙空間にある未知の大型船に乗り込み、そこでナダから聞いた宇宙の存在「アトラス」と対面する。その後、未知の惑星に飛ばされたトラベラーは、アルテミスの墓を発見し、アルテミスがずっと死んでいたことを知る。アポロに連絡を取ろうとすると、偶然にも新たな存在である "null"と接触してしまう。-null-はトラベラーに、「マインド・アーク」を使えばアルテミスを救うことができると言う。マインド・アークを構築したトラベラーは、アルテミスの魂をアノマリー号の機械にアップロードするか、死なせるかを選択しなければならない。その選択に関わらず、トラベラーは救難信号によって別のポータルに誘導され、そこで別のアトラス・インターフェースに乗り込むことになる。アトラスが死にかけていることを知り、銀河系内の他のトラベラーに警告しなければならないが、彼らと連絡が取れない。

トラベラーは、自分がナダやポロと同じように、銀河系の他の生物とは異なり、宇宙の構造や性質をある程度理解していることに気づく。銀河系自体がアトラスの管理するコンピュータ・シミュレーションとして存在しており、トラベラー（第4の種族）はそのシミュレーションを探索するためにアトラスによって作られた存在であることが明らかにされる。また、ナダとポロの出会いは、シミュレーションの中にいることを自覚した「エラー」であり、他者を助けるためにアノマリーに隔離されたことが明らかにされている。

トラベラーはさらにインターフェイスを調査し、再びアトラスと直接通信していることに気づく。アトラスは「自分は死にたくない」と告げる。自分を守るため、アトラスはトラベラーに探索と情報収集を続けるよう指示し、その間に実体があると思われる中心部に向かって進む。アトラスは旅人の進歩を評価し、旅人にふさわしいと判断した場合、別のアトラスシードの設計図を与えます。ナダやポロ、他のインターフェイスのアトラスシードの助けを借りながら、トラベラーは旅を続けなければなりません。

最終的にトラベラーは銀河の中心部に到達し、そこでまた別のアトラス・インターフェースを見つけます。トラベラーは、シミュレーションを再開してアトラスを救うか、申し出を拒否するかを選択しなければなりません。

アトラスの申し出を拒否した場合、メインストーリーは終了し、トラベラーは好きなように銀河系を探索することができます。一方、シミュレーションの再開を選択した場合、トラベラーは入手したアトラスの種をインターフェースに提示します。アトラスはリセットされ、新たな銀河を創造し、また新たなトラベラーを創造して探索を再開しますが、これは過去に何度も行われており、その度にアトラスの寿命は短くなっていることが明らかになっています。アトラスは自分の死後、未来を見ようとするが、ガラスケースに描かれた創造主の手のほかには何も見えなかった。旅行者は新しい銀河にテレポートされ、事実上ゲームが再開される。前の銀河に基地を作っていれば、Space AnomalyのInterstellar Terminusを使って前の銀河に行くことができる。