「あの軍団の奴ら」と書くと、少なくとも全人類の一部であるという意味合いが含まれますよね。
（エイリアン軍団のお話だったら全生物の一部とでも言うべきでしょうか。）

>>1の例文を抽象化すると、「あの『全人類の一部』はすべて滅びた」となります。
「奴らの一部は滅びた」という文も、抽象化すれば結局「『全人類の一部』はすべて滅びた」となるわけです。

>>9の内容では話が進んでないように思えますが・・・