２つ目

これは一向に伝わらないから説明の仕方を変える
肯定・否定で主語が一致してないって話ね

彼はテーマ(論題)が一致してない、と言うと伝わるだろうか
例えば、
【テーマ】
「混同してる」と判断している棒人間は合っているか

肯定→合っている
否定→合っていない

これなら分かるね
では彼の言い分をもう一度見てみよう

>「主が混合してると分かっている」お前に対して「混合してるかどうか分からないだろ」って否定してます。

【テーマ】
主が混合してると分かっているか

肯定→分かっている
否定→分かっていない

分かっているって何？主語は誰？
テーマを統一しようとするとよく分からないことになるよな
「分からない」では否定になっていないからこういうことになる